graphify: инкрементальный refresh current branch без full rebuild

## Что это Обновление knowledge graph на change только изменённых файлов / диапазонов. Без full re-index. Сейчас полный rebuild при каждом коммите — это секунды на больших vault'ах. Incremental — миллисекунды. ## Зачем Live knowledge graph value падает с задержкой. Incremental refresh делает его live, а не «по требованию». ## Источники вдохновения - [safishamsi/graphify](https://github.com/safishamsi/graphify) — graphify incremental - [tursodatabase/agentfs](https://github.com/tursodatabase/agentfs) — agent FS ## 🔗 Linear - [PZD-297](https://linear.app/kuhjie/issue/PZD-297) — backing ticket